Nazwa pochodzi od imienia Henryk i nadano ją na cześć fundatora Henryka Brodatego. Miejscowość pod zlatynizowaną nazwą Heinrichowe wymieniona jest w łacińskim dokumencie z 9 maja 1256 roku sygnowanym przez księcia Przemysła I wydanym w Poznaniu. Nazwę miejscowości w zlatynizowanej formie Heinrichow oraz Heinrichov wielokrotnie notuje wraz z sąsiednimi wsiami spisana po łacinie w latach 1269–1273 Księga henrykowska.
Polską nazwę miejscowości w formie Henryków w książce „Krótki rys jeografii Szląska dla nauki początkowej” wydanej w Głogówku w 1847 wymienił śląski pisarz Józef Lompa.
Pierwsza wzmianka o wsi w dokumentach w 1222. Opactwo cystersów zostało ufundowane przez kanonika Mikołaja, notariusza Henryka Brodatego, który zaprosił tu cystersów z Lubiąża w 1227. Najazd Tatarów w 1241 zniszczył zarówno wieś jak i zabudowania klasztorne. Murowany romański klasztor wybudowano ok. 1270 i założono szkołę; ok. 1300 mieszkało tutaj 45 mnichów i 50 braci konwersów.
W 1270 autor pisanej po łacinie księgi henrykowskiej wpisał w niej zdanie, uchodzące za najstarsze zachowane na piśmie zdanie w języku polskim.
Kościół klasztorny stał się nekropolią Piastów ziębickich. Zachował się nagrobek Bolka II Ziębickiego i jego żony Guty.
Wiele szkód opactwu przyniosły wojny husyckie w XV w., wojna trzydziestoletnia w XVII w. a najbardziej wojny śląskie w XVIII w.
W 1810 król pruski Fryderyk Wilhelm III na mocy edyktu zlikwidował opactwo, a jego dobra skonfiskowano. W 1812 siostra króla pruskiego, Wilhelmina Pruska (1774-1837) (późniejsza królowa Holandii), nabyła dobra henrykowskie tworząc największą na Śląsku posiadłość Hohenzollernów. Później właścicielami stali się książęta Sachsen-Weimar-Eisenach. Ostatni z nich, Wilhelm Ernest II po abdykacji 9 listopada 1918 r., często przebywał wraz małżonką Feodorą w Henrykowie. Po śmierci w 1923 r. jego doczesne szczątki zostały złożone na terenie parku przyklasztornego.
W wyniku drugiej wojny światowej wieś znalazła się w granicach Polski. Niemieccy mieszkańcy zostali wysiedleni w nowe granice Niemiec. W latach 1945-1954 wieś była siedzibą gminy Henryków.
W 1947 cystersi ze Szczyrzyca przejęli kościół i część klasztoru. W latach 1965-1990 w pozostałej części klasztoru mieścił się Zespół Szkół Rolniczych, którego założycielem i pierwszym dyrektorem był Jan Szadurski.
W 1990 opactwo pocysterskie z inicjatywy kardynała Henryka Gulbinowicza przechodzi w ręce Kościoła; od 25 września 1990 działa Annus Propedeuticus Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego we Wrocławiu. W ciągu następnych lat wyremontowano budynek poklasztorny, oficyny oraz zagospodarowano teren wokół obiektu.
W 1997 w części oficyn został otwarty Domu Opieki Caritas im. Św. Jadwigi Śląskiej, jako wotum 46. Międzynarodowego Kongresu Eucharystycznego, który odbył się we Wrocławiu.
2000 – 28 października – na uroczyste nałożenie tunik alumnom I roku MWSD we Wrocławiu przybył do Henrykowa kard. Joseph Ratzinger – późniejszy papież Benedykt XVI.
2002 – w części klasztornej z inicjatywy kard. Henryka Gulbinowicza powstaje Katolickie Liceum Ogólnokształcące im. bł. Edmunda Bojanowskiego, jako męska szkoła prywatna na prawach szkoły publicznej i przeznaczona przede wszystkim dla młodzieży z ubogich rodzin wiejskich. W dawnej, zrujnowanej infirmerii klasztornej, po kapitalnym remoncie znalazł swoje miejsce internat K.L.O.
2004 – arcybiskup Marian Gołębiewski, nowy metropolita wrocławski kontynuuje dzieła kard. Henryka Gulbinowicza i otacza opieką Klasztor Księgi Henrykowskiej.
2005 – w części oficyn utworzono Warsztaty Terapii Zajęciowej im. Jana Pawła II prowadzone przez diecezjalne Caritas.
Obecnie w Henrykowie posługę parafialną pełni czterech ojców cystersów. Prowadzą parafię oraz zajmują się katechizacją dzieci i młodzieży. Większość budynku klasztornego zajmują uczniowie Katolickiego Liceum Ogólnokształcącego oraz alumni pierwszego roku (Annus Propedeuticus) Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Wrocławskiej.
W latach 1975-1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa wałbrzyskiego.
Zabytki:
Według rejestru Narodowego Instytutu Dziedzictwa na listę zabytków wpisane są:
- historyczny układ urbanistyczny, z XIII-pocz. XX w.
- kościół pom. pw. św. Andrzeja, z l. 1316, 1616, 1846
- zespół klasztorny oo. cystersów:
- kościół klasztorny par. pw. Wniebowzięcia NMP i św. Jana, wczesnogotycki z l. 1230-1270, pierwszej poł. XIV w., k.XVII w., XVIII w.
- mauzoleum Piastów, z XIII w.
- pomnik Świętej Trójcy, z XVIII w.
- klasztor, wczesnobarokowy z l. 1682-85
- oficyna zachodnia, z k. XVII w., 1730 r.
- stajnie – oficyna pn., k. XVII w., 1730 r.
- wozownia, z pierwszej poł. XVII w., XIX w./XX w.
- szpital – infirmeria, z k. XVII w., drugiej poł. XIX w.
- dawna szkoła łacińska, z 1730 r.
- budynek bramy Dolnej, z 1680 r.
- budynek bramny, z XVII/XVIII w.
- budynek bramy Górnej, z 1701 r.
- dom czeladzi, z 1588 r.
- fragment obwarowania, z trzeciej ćw. XVI w.
- zespół ogrodu opackiego:
- pawilon ogrodowy, z l. 1720-27
- oranżeria, z 1727 r.
- mur klasztorny – ogrodzenie ogrodu, murowane z bramami ogrodowymi, z ok. 1730 r.
- dom ogrodnika, z ok. 1730 r.
- park krajobrazowy w stylu angielskim, z XIX w. Rośnie w nim trzeci pod względem wieku cis w Polsce[5].
- spichrz, ul. Henryka Brodatego, z l. 1723-24
- inne zabytki zespołu:
- nowicjat cystersów
- dawny dwór grangii cysterskiej
- baszta
- św. Most na Oławie.
